Το 1836, γερμανοί αρχαιολόγοι ανακάλυψαν τα υλικά, που είχαν διατηρηθεί σε καλή κατάσταση και αναστύλωσαν τον ναό.
Το ιερό αυτό καταστράφηκε, μαζί με την υπόλοιπη Ακρόπολη, από τους Πέρσες το 480 π.Χ.
Εδώ φυλασσόταν το ξόανο της θεάς Αθηνάς Νίκης, της «απτέρου», δηλαδή χωρίς φτερά, για να μη φύγει ποτέ από την πόλη της Αθήνας.
Ο Ναός της Αθηνάς Νίκης ή (όπως ονομάστηκε επί ρωμαϊκής εποχής) Ναός της Απτέρου Νίκης είναι μικρός αμφιπρόστυλος ιωνικός ναός στην Ακρόπολη των Αθηνών.
Ο ναός βρίσκεται πάνω σε πυργοειδή προμαχώνα, στη νότια (δεξιά) πτέρυγα των Προπυλαίων της Ακρόπολης.
Ο ναός γκρεμίστηκε από τους Τούρκους το 1686, και τα υλικά του τα χρησιμοποίησαν για την κατασκευή προμαχώνα.
Τα διακοσμητικά στοιχεία των βάσεων των κιόνων, τα κιονόκρανα και ο θριγκός μαζί με την ανάγλυφη ζωοφόρο, όλα από άριστης ποιότητας πεντελικό μάρμαρο, κάνουν τον ναό να μοιάζει με κοσμηματοθήκη Στη ίδια θέση προϋπήρχε αρχαϊκός ναός της Αθηνάς, πιθανώς από την εποχή των Πεισιστρατιδών (561-510 π.Χ.).
Επιγραφές αναφέρουν ότι ο αρχιτέκτονας Καλλικράτης σχεδίασε την είσοδο οπότε θεωρείται πιθανό πως ο ίδιος σχεδίασε και τον ναό, το 437 π.Χ.